يقصد بالصون الداخلي المحافظة على الموارد الوراثية في الأماكن والبيئات الطبيعية للنباتات أو الحيوانات. وتهدف  عمليات الصون الداخلي إلى حماية النباتات المهددة بالانقراض أو الحيوانات في بيئتها الطبيعية، إما بحماية المورد نفسه (النبات أو  الحيوان)، أو من خلال صون الموئل (المكان) نفسه، أو بالدفاع عن هذه الأنواع من الحيوانات المفترسة (في حالة الحيوانات) أو من الحيوانات الرعوية (في حالة النباتات). كما يهدف الصون الداخلي إلى الحدّ من الأنشطة البشرية التي تضر الموارد الطبيعية المهددة.

ومن أهم فوائد الصون الداخلي المحافظة على المواقع المهددة حتى تتعافى وتتكاثر المجتمعات الموجودة فيها (سواءً كانت مجتمعات نباتية أو حيوانية)، وضمان بقاء النباتات أو الحيوانات الأصيلة في بيئاتها الطبيعية مما يؤدي إلى ضمان استمرارية وجود النظام البيئي ككل.